Grâce au soutien financier de la C.A.F. (contrat « Enfance Jeunesse»), le C.C.A.S. de la Ville de Pontarlier propose des services modulables de qualité, aux tarifs adaptés aux ressources des parents et animés par des professionnels qualifiés et formés. Ainsi, l'accueil des jeunes enfants (de 2 mois ½ jusqu'à 6 ans) repose à Pontarlier sur plusieurs structures :

- le Relais Petite Enfance assure l'accueil, la médiation et l'échange entre les parents-employeurs et les assistantes maternelles indépendantes.

- la crèche familiale Capucine offre un accueil en semaine au domicile d'assistantes maternelles agréées.

- la crèche collective Les P'tits Loups propose aux familles un accueil collectif à la journée ou ½ journée.

- le Multi-Accueil Pirouette développe deux modes d'accueil : « régulier » à la journée et ½ journée, ou « occasionnel » à l'heure et à la ½ journée. L'ensemble des informations sur ses structures est en ligne sur le site internet municipal. Le Relais Petite Enfance propose également une rubrique de partage de données à destination des parents et assistantes maternelles.